Nach dem Abstieg in die 2. Klasse 1986/87 dauerte es eine Saison, bis sich die Mannschaft vom Schock erholt hatte. Dann aber gelang dem FCI der „Durchmarsch“: 1988/89 stieg der Verein als Meister wieder in die 1. Klasse auf und schaffte dort prompt als Zweiter den Einzug in die 2. Liga Nord.
1991/92
schaute Glücksgöttin Fortuna herab, als Illmitz Letzter wurde, es jedoch in dieser Saison keinen Absteiger gab. So richtig knapp wurde es noch einmal 1996/97 - der Rückfall in die 1. Klasse wurde erst in der letzten Runde verhindert.
Nach dem Herzschlagfinale im Abstiegskampf orientierte sich Illmitz schnell nach oben. 1997/98 belegte die Mannschaft bereits Platz sieben, und schon ein Jahr später war der FCI an der „Endstation Sehnsucht“ angelangt: Vier Runden vor Schluss noch fünf Punkte hinter Zurndorf, wurde der Spitzenreiter auch dank eines 4:0-Heimsieges gegen den direkten Konkurrenten noch abgefangen. Der FC Illmitz war Meister der 2. Liga Nord und damit erstmals in der Vereinsgeschichte in der Landesliga.
Dort musste allerdings auf Anhieb Lehrgeld bezahlt werden. Trotz eines 4:2-Auftaktsieges gegen Neudörfl und insgesamt 34 Punkte war der Abstieg als Drittletzter nicht zu vermeiden, doch innerhalb der Mannschaft entwickelte sich eine „Jetzt erst recht“-Stimmung, die den Weg zum sofortigen Wiederaufstieg ebnete.
War der Titelkampf in der 2. Liga vor zwei Jahren noch bis zum Schluss spannend gewesen, so legte der FCI 2000/01 ein beeindruckendes Solo hin. Erst in der 23. Runde ging zum ersten Mal ein Spiel verloren, und das zu einem Zeitpunkt, als das Ticket für die Burgenlandliga schon längst gelöst war.
In „Landesliga – Teil 2“ machte der FC Illmitz weit bessere Figur. In der Saison 2001/02 sahen 2.400 Zuschauer das Heimspiel gegen Tadten (2:0), als Elfter wurde ohne Probleme der Klassenerhalt sichergestellt. Auch 2002/03 schaute Rang elf heraus, wieder ein Jahr später folgte mit Platz 8 die beste Platzierung der Vereinsgeschichte.
In der vergangenen Saison konnten die hochgesteckten Erwartungen trotz einiger Verstärkungen nicht erfüllt werden. Illmitz landete als Vorletzter wieder in der 2. Liga Nord. Der Wunsch, das 50-jährige Vereinsjubiläum in der Burgenlandliga zu feiern, ging nicht in Erfüllung.